Ključna razlika med datotečnim sistemom in bazo podatkov je, da datotečni sistem upravlja samo fizični dostop, medtem ko baza podatkov upravlja tako fizični kot logični dostop do podatkov.
Baza podatkov in datotečni sistem sta dve metodi, ki pomagata shraniti, pridobiti, upravljati in manipulirati s podatki. Oba sistema uporabniku omogočata podobno delo s podatki. Datotečni sistem je zbirka surovih podatkovnih datotek, shranjenih na trdem disku, medtem ko je baza podatkov namenjena enostavnemu organiziranju, shranjevanju in pridobivanju velikih količin podatkov. Z drugimi besedami, baza podatkov vsebuje sveženj organiziranih podatkov, ki so običajno v digitalni obliki za enega ali več uporabnikov. Okrajšava iz baze podatkov je DB. DB je mogoče razvrstiti glede na njihovo vsebino, na primer besedilo dokumenta, bibliografsko in statistično. Pomembno je omeniti, da se podatki tudi v zbirki podatkov sčasoma ali fizično shranijo v nekaterih datotekah.
