Ključna razlika med R in S konfiguracijo je v tem, da je R konfiguracija prostorska razporeditev R izomera, ki ima svojo relativno smer prednostnega reda v smeri urinega kazalca, medtem ko je S konfiguracija prostorska razporeditev S izomera, ki ima svojo relativno prednostno smer naročite v nasprotni smeri urnega kazalca. Tu je relativna smer prednostnega reda padajoči vrstni red prioritet substituentov.
Izomeri R in S so organske molekule s kiralnim središčem, ki je atom ogljika, na katerega so pritrjeni štirje različni substituenti. Ti substituenti se uvrstijo na seznam glede na njihovo prednost (prednost se določi s pravili CIP, kot je opisano spodaj).
