Ključna razlika med acetil CoA in acil CoA je, da acetil CoA (ali acetil koencim A) pomaga pri presnovi beljakovin, ogljikovih hidratov in lipidov, medtem ko acil CoA (ali acil koencim A) pomaga pri presnovi maščobnih kislin.
Acetil CoA je zelo koristen pri dostavi acetilne skupine v Krebsov cikel za proizvodnjo energije. Acetilna skupina je funkcionalna skupina, ki ima kemijsko formulo -C (O) CH 3. Acilna skupina je tudi funkcionalna skupina s kemijsko formulo -C (O) R, kjer je skupina R stranska veriga maščobnih kislin. Uporaben je pri proizvodnji energije s pretvorbo v acetil CoA.
