Ključna razlika med bakterijskimi endosporami in spori glivic je celična organizacija obeh vrst spor. Bakterijske endospore so mirujoče strukture, prisotne v prokariontskih bakterijah. Glivične spore so reproduktivne strukture, prisotne v evkariontskih glivah.
Bakterijske endospore so prisotne v bakterijskih celicah in so mirujoče strukture, ki lahko preživijo težke razmere v okolju. Posledično te endospore kalijo, ko se izpolnijo ustrezni okoljski pogoji. Nasprotno pa so glivične spore eksospore, ki se sproščajo navzven za sporulacijo.
