Ključna razlika - bakterijske transpozaze in retrovirusne integraze
Premični genski material se je razvil z dvema glavnima strategijama za prehod iz ene regije v naslednjo regijo znotraj in med genomi. Ena metoda je premik skozi molekulo RNA pred tvorbo molekule DNA, medtem ko druga pot vključuje DNA intermediate. Transpozaze in virusne integraze so primeri takega prenosljivega genskega materiala. Bakterijske transpozaze se vežejo na konec transpozonov in z različnimi mehanizmi olajšajo katalizo gibanja transpozona v drug del genoma. Retrovirusne integraze so encimi, ki pomagajo pri integraciji genskega materiala retrovirusa, kot je HIV, v genski material (DNA) gostiteljske celice, ki jo okuži. To je ključna razlika med bakterijskimi transpozazami in retrovirusnimi integrazami.
VSEBINA
1. Pregled in ključna razlika
2. Kaj so bakterijske transpozaze
3. Kaj so retrovirusne integraze
4. Podobnosti med bakterijskimi transpozazami in retrovirusnimi integrazami
5. Vzporedna primerjava - Bakterijske transpozaze in retrovirusne integraze v obliki tabele
6. Povzetek
Kaj so bakterijske transpozaze?
Transpozazo lahko opredelimo kot encim, vezan na konec transpozonov, ki z različnimi mehanizmi olajšajo katalizo gibanja transpozona v drug del genoma. Takšni mehanizmi vključujejo „mehanizem za izrezovanje in lepljenje“in „ponovljiv mehanizem za prenos“. Transpozaza je bila prvič uvedena s kloniranjem encima, ki je potreben za prenos transpozona Tn3. Premični genski elementi so uporabili dve pomembni strategiji za premik med genomi ali z enega mesta na drugo. Prenos skozi intermediat RNA pred sintezo kopije DNA je ena od strategij, druga pa je vezana samo na intermediate DNA. Rekombinacijske reakcije, ki sodelujejo pri integraciji obeh elementov, potekajo zaradi elementov specifičnih encimov. Takov primeru elementov DNA so ti encimi znani kot transpozaze, v primeru elementov RNA pa kot integraze.
Pri primerjavi razlik med obema strategijama prenosa se zdi, da je postopek vstavljanja kemično enak. Toda nedavni dokazi kažejo, da so nekatere podobnosti v mehanizmu integracije vidne v regijah aminokislinskih zaporedij, ki tvorijo aktivno mesto; motiv DDE. Trenutno je razvrščenih pet družin transpozaz, vendar se število družin z novimi znaki transpozaz še ne bo povečalo. Družine vključujejo DDE transpozazo, tirozin (Y) transpozazo, serin (S) transpozazo, transpozazo valjarskega kroga, reverzne transkriptaze / endonukleaze (RT / En) itd. Te družine uporabljajo edinstvene katalitske mehanizme za razbijanje in ponovno povezovanje DNA. DDE transpozaza vključuje mehanizem rezanja in lepljenja prvotnega transpozona in vsebuje tri sklope konzerviranih aminokislin, in sicer;aspartat (D), aspartat (D) in glutamat (E). Tirozin transpozaze sodelujejo tudi v mehanizmu za rezanje in lepljenje z uporabo ostankov tirozina, ki je specifičen za posamezno lokacijo.
Slika 01: Bakterijske transpozaze
Serinske transpozaze vključujejo intermediat krožne DNA in izvajajo mehanizem rezanja in lepljenja, tako kot zgornje družine. Transpozaza valjanega kroga vključuje mehanizem kopiranja, pri katerem se posamezna veriga preko replikacije DNA neposredno kopira v ciljno mesto. To zagotavlja, da imata predloga in kopirani sklop na novo sintetiziran sklop. Transpozaza reverzne transkriptaze / endonukleaze ima različne mehanizme za transpozicijo.
Kaj so retrovirusne integraze?
V kontekstu retrovirusne integraze se šteje za retrovirusni encim, ki pomaga pri vključevanju genskega materiala retrovirusa, kot je HIV, v genski material (DNA) okužene celice. Te retrovirusne integraze se najpogosteje zamenjajo z fagnimi integrazami. Primeri za fage integraze so λ fage integraze. Toda to so popolnoma različni encimi in z njimi se ne sme zamenjati. V zvezi z nastankom retrovirusnega predintegracijskega kompleksa ima retrovirusna integraza pomembno vlogo. Retrovirusni proteini integraze so običajno sestavljeni iz treh (03) kanoničnih domen. Te domene so povezane s prilagodljivimi povezovalci.
Tri domene vključujejo N končno domeno, ki veže cink, kjer so trije vijačni snopi povezani in stabilizirani z usklajevanjem z vključitvijo Zn 2+kation, RNase H krat katalitično jedro domene in C terminal DNA vezavna domena, ki je SH3 krat. S preiskavo in z biokemijskimi in strukturnimi informacijami kaže, da ima retrovirusna integraza sposobnost, da deluje kot dimer dimerjev (tetramer). V kontekstu multimerizacije in vezave virusne DNA so vse tri domene proteina retrovirusne integraze. Glavna naloga retrovirusne integraze je vstavljanje njenega genskega materiala v gostiteljsko DNA. Ta korak je najpomembnejši korak pri virusni replikaciji virusa HIV. Ko bo uspešno integrirana, bo tam v kromosomski DNA celice do konca svoje življenjske dobe.
Slika 02: Retrovirusne integraze
Ko se celica enkrat integrira, ni več vrnitve. Te retrovirusne integraze sodelujejo pri kataliziranju dveh glavnih reakcij, vključno s 3 'končno obdelavo in kovalentno ligacijo. Med 3 'končno obdelavo odstranimo 2-3 nukleotida z obeh 3' koncev virusne DNA z namenom, da razkrijemo CA dinukleotide 3 'koncev virusne DNA, med kovalentno ligacijo pa obdelani 3' konci virusne DNA se kovalentno vežejo v gostiteljsko kromosomsko DNA.
Kakšna je podobnost med bakterijskimi transpozazami in retrovirusnimi integrazami?
Tako bakterijske transpozaze kot retrovirusne integraze imajo podobna aminokislinska zaporedja
Kakšna je razlika med bakterijskimi transpozazami in retrovirusnimi integrazami?
Diff Article Sredina pred mizo
Bakterijske transpozaze v primerjavi z retrovirusnimi integrazami |
|
| Bakterijska transpozaza je encim, vezan na konec transpozonov, hkrati pa z različnimi mehanizmi olajša katalizo gibanja transpozona v drug del genoma. | Retrovirusne integraze veljajo za retrovirusni encim, ki pomaga pri integraciji genskega materiala retrovirusa, kot je HIV, v genski material (DNA) okužene celice. |
| Obvezujoče regije | |
| Za bakterijske transpoze so potrebna visoko specifična vezavna območja. | Za vezavo je potrebno manj ali nič nukleotidnega zaporedja. |
Povzetek - Bakterijske transpozaze v primerjavi z retrovirusnimi integrazami
Bakterijske transpozaze veljajo za retrovirusni encim, ki pomaga pri vključevanju genskega materiala retrovirusa, kot je HIV, v genski material (DNA) okužene celice. Premični genski elementi so uporabili dve pomembni strategiji za premik med genomi ali z enega mesta na drugo. Trenutno je razvrščenih pet družin transpozaz, vendar se število družin z novimi znaki transpozaz še ne bo povečalo. Retrovirusna integraza se šteje za retrovirusni encim, ki pomaga pri vključevanju genskega materiala retrovirusa, kot je HIV, v genski material (DNA) okužene celice. Retrovirusni proteini integraze so običajno sestavljeni iz treh (03) kanoničnih domen. Glavna naloga retrovirusne integraze je vstavljanje njenega genskega materiala v gostiteljsko DNA. Ta korak je najpomembnejši korak pri virusni replikaciji virusa HIV. Ko se celica enkrat integrira, ni več vrnitve. To je razlika med bakterijskimi transpozazami in retrovirusno integrazo.
Prenesite PDF o bakterijskih transpozazah in retrovirusnih integrazah
Lahko prenesete različico tega članka v PDF obliki in jo uporabite za namene brez povezave, kot je navedeno v opombi o navedbi. Prosimo, prenesite PDF različico tukaj: Razlika med bakterijskimi transpozazami in retrovirusnimi integrazami
