Ključna razlika med transgenimi in knockout miši je, da imajo transgene miši v njen genom vstavljene tuje gene, medtem ko imajo knockout miši funkcionalno inaktiviran gen, ki nas zanima.
Gensko inženirstvo je področje genetike, na katerem se genetska sestava organizma spreminja ali manipulira s tehnologijo rekombinantne DNA. Transgeni organizmi nastanejo z vnosom tujih genov (transgeni) v organizme z uporabo biotehnologije. Imenujemo jih tudi gensko spremenjeni organizmi. Transgeni organizmi so dragoceno raziskovalno orodje. Pomembni so pri raziskovanju funkcije gena ter pri genski terapiji in kmetijstvu. Miši se uporabljajo kot laboratorijski živalski modeli, saj so tesneje povezane z ljudmi. Transgene miši in miši, ki so iztrebljene, sta dve vrsti gensko spremenjenih živali. Pri transgenih miših se gostiteljska DNK v lokusu nadomesti z drugačno različico istega gena ali popolnoma drugačnim genom. Pri izločljivih miših se gostiteljski gen preprosto izbriše ali funkcionalno inaktivira.
