Ključna razlika med cisgenezo in intragenezo je v tem, da se v cisgenezo geni vnesejo, ne da bi pri tem spremenili zaporedje DNA, in geni imajo svoje naravne promotorje, introne in zaključna zaporedja, medtem ko lahko v intragenezi gene oblikujejo z uporabo genskih elementov iz drugih rastlin. z istim spolno združljivim genskim skladom.
Transgeneza je genska sprememba rastline prejemnice z geni katerega koli nerastlinskega organizma ali donorne rastline, ki je spolno nezdružljiva z rastlino prejemnico. Cisgeneza in intrageneza sta dva alternativna koncepta transgenezi. Oba se odvijata med prehodnimi vrstami. Cisgeneza se nanaša na gensko spreminjanje rastline prejemnice z naravnim genom iz spolno združljive rastline. Intrageneza pa omogoča uporabo novih genskih kombinacij, ustvarjenih z in vitro prerazporeditvami funkcionalnih genetskih elementov. Vendar oba koncepta temeljita na uporabi genov iste vrste ali tesno sorodnih vrst, ki so spolno združljive. Zato sta intrageneza in cisgeneza enaki genskemu skladu, ki je na voljo za konvencionalno vzrejo.
