Ključna razlika med prebavo beljakovin v želodcu in tankem črevesju je v tem, da beljakovine v želodcu prebavljajo pepsin in klorovodikova kislina, medtem ko prebavo beljakovin v tankem črevesju izvajata tripsin in kimotripsin, ki ga izloča trebušna slinavka.
Hrana, ki jo zaužijemo, je podvržena kemični in mehanski prebavi v prebavnem sistemu. Ko se hrana prebavi, se hranila skozi tanko črevo absorbirajo v naš krvni obtok. Prebava beljakovin poteka v dveh fazah: v želodcu in v prvem delu tankega črevesa (dvanajstnik) s pomočjo proteaz. V želodcu pepsin razgradi beljakovine na aminokisline in oligopeptide. Nadaljnja prebava oligopeptidov v aminokisline, dipeptide in tripeptide poteka v tankem črevesju s pomočjo encimov trebušne slinavke.