Ključna razlika med začetnim kodonom in zaustavnim kodonom je v tem, da je začetni kodon trinukleotidno zaporedje, ki označuje začetek zaporedja, ki se prevede v beljakovino, medtem ko je stop kodon trinukleotidno zaporedje, ki označuje konec zaporedja, ki se pretvori v protein.
Genetska koda gena vsebuje navodila, potrebna za izdelavo določene beljakovine. Vsebuje trinukleotidna zaporedja, ki so znana kot kodoni. Vsak kodon določa aminokislino. Aminokisline so gradniki beljakovin. Genetska koda vsakega gena se začne z začetnim kodonom in konča s stop kodonom. Zato start kodon označuje mesto, na katerem se začne prevajanje v beljakovine. Stop kodon pa označuje mesto, na katerem se prevajanje v beljakovine konča. Zato lahko ta dva kodona identificiramo kot dve ločili v genetski kodi. Obe sta specifični trinukleotidni sekvenci.
