Ključna razlika med tiho in nevtralno mutacijo je v tem, da je tiha mutacija posebna vrsta nevtralne mutacije, ki nima opaznega učinka na fenotip organizma, medtem ko je nevtralna mutacija sprememba zaporedja DNA, ki ni ne koristna ne škodljiva za sposobnost organizem za preživetje in razmnoževanje.
Mutacija je sprememba, ki se pojavi v nukleotidnem zaporedju DNA. Do mutacije lahko pride zaradi okoljskih dejavnikov, kot sta cigaretni dim in UV svetloba, ali zaradi virusnih napadov, močnih kemikalij itd. Mutacije v zarodnih celicah prehajajo v naslednje generacije, medtem ko mutacije v ne-zarodnih celicah (somatske mutacije) ne minejo v naslednje generacije in bodo vplivale na preživetje posameznega organizma. Tihe mutacije ne povzročajo sprememb aminokislinskega zaporedja kodiranega proteina. Nevtralne mutacije ne povzročajo opaznega vpliva na fenotip organizma.
