Ključna razlika med CRISPR in CRISPR Cas9 je v tem, da je CRISPR (redno premeščen kratek palindromski ponovitev) naravni prokariontski imunski obrambni mehanizem, medtem ko je CRISPR cas9 RNA-vodena nukleaza Cas9, ki je del prilagodljivega imunskega sistema CRISPR.
CRISPR je protivirusni obrambni imunski sistem, ki ga najdemo v bakterijah in arhejah. Gre za družino zaporedij DNA, ki jih najdemo v bakterijskem genomu. Sestavljen je iz distančnih zaporedij, ki izhajajo iz fragmentov DNA bakteriofagov, ki so jih predhodno okužili. Pri kasnejših virusnih okužbah bakterije uporabljajo ta zaporedja za uničenje virusne DNA. Zaporedja CRISPR imajo kratke palindromske ponovitve in zaporedja distančnikov. Poleg tega imajo zaporedja CRISPR ponovitvenih distančnikov pogosto povezane gene, ki kodirajo proteine Cas. Cas9 je RNK vodena endonukleaza. Skupaj z zaporedji CRISPR protein Cas9 deluje kot prilagodljivi imunski sistem v bakterijah proti bakteriofagom.
