Ključna razlika med kandidatnim genom in GWAS je, da pristop genskega kandidata raziskuje genske variacije znotraj majhnega števila vnaprej določenih genov, ki nas zanimajo, medtem ko GWAS preučuje celotni genom glede skupnih genskih variacij za določeno boleznijo.
Študije genskega pristopa in študije o povezavi genoma (GWAS) sta dve metodi, ki sta pomembni za odkrivanje genske dovzetnosti za bolezni. Pristop genskega kandidata temelji na vnaprej določenem majhnem številu genov, medtem ko GWAS temelji na testiranju celotnega genoma. Zato pristop genskega pristopa zahteva predhodno znanje genov, pomembnih za bolezen, za razliko od GWAS.
