Ključna razlika med naključno in vtisnjeno X inaktivacijo je, da je naključna X inaktivacija inaktivacija očetovskega ali materinega X kromosoma z enako verjetnostjo v času gastrulacije v epiblastu, medtem ko je vtisnjena X inaktivacija nenaključna X inaktivacija iz očetov izpeljanega X kromosom v zunaembrionalnih tkivih sesalcev.
X inaktivacija je postopek, ki ga opazimo pri samicah sesalcev. Na splošno imajo samice dva X kromosoma. In pri samicah sesalcev en X-kromosom postane neaktiven. Z drugimi besedami, en X-kromosom postane transkripcijsko neaktivna struktura. Ko se to zgodi, ostane ta X kromosom neaktiven v celotni življenjski dobi celice in njenih potomcev v organizmu. Poleg tega se inaktivirani X-kromosom kondenzira v kompaktno strukturo, imenovano Barrovo telo, in je stabilno vzdrževan v tihem stanju. Tudi postopek inaktivacije X je odvisen od nadzora dveh nekodirajočih komplementarnih RNA. Vendar se inaktivacija X ne zgodi pri moških, ki imajo samo en kromosom X. Poleg tega lahko pride do inaktivacije X naključno ali zaradi vtiskovanja.
