Ključna razlika med inaktivacijo X in genomskim odtisom je, da je inaktivacija X postopek, s katerim se pri nekaterih ženskah inaktivira ena kopija kromosoma X, medtem ko je genomski odtis postopek, ki je odvisen od matičnega izvora in je postopek, v katerem kopije geni so različno izraženi.
X inaktivacija in genomski odtis sta dva procesa, ki lahko privedeta do monoalelične ekspresije. Z enostavnimi besedami oba pojava povzročita izklop ene kopije gena. Genomski odtis poteka v določenih genih, medtem ko X inaktivacija povzroči inaktivacijo genov v celotnem X kromosomu. Vendar oba procesa povzročata manjšo ekspresijo genov.
