Ključna razlika med tiocianatom in izotiocianatom je, da je tiocianat funkcionalna skupina, v kateri je alkilna ali arilna skupina vezana skozi atom žvepla, medtem ko je izotiocianat vezni izomer tiocianata, v katerem je alkilna ali arilna skupina vezana preko dušikovega atoma.
Tiocianat in izotiocianat sta funkcionalni skupini, ki vsebujeta atome ogljika, dušika in žvepla. Te funkcionalne skupine imajo enako povezljivost atomov. To pomeni, da je atom ogljika v sredini, medtem ko sta atoma dušika in žvepla pritrjena na njegove stranice. Vendar pa se kemijska vez med temi atomi razlikuje med seboj.
