Ključna razlika med aloantitelom in avtoprotitelesom je, da je aloantitelo protitelo, proizvedeno proti aloantigenom, ki so tuji antigeni, uvedeni s transfuzijo ali nosečnostjo. Medtem je avtoprotitelo protitelo, ki reagira s samoantigeni.
Protitelesa nastanejo kot posledica imunskega odziva. Lahko odražajo prisotnost, naravo in intenzivnost imunskega odziva. Imunski sistem bi moral biti sposoben ločevati lastne antigene in tuje antigene. Za njegovo funkcijo je ključnega pomena. B celice imunskega sistema proizvajajo protitelesa proti antigenom. Aloantitelesa in avtoprotitelesa sta dve vrsti takih protiteles. Aloantiteles nastanejo zaradi vnosa aloantigenov v telo s transfuzijo ali nosečnostjo. Nasprotno pa so avtoprotitelesa protitelesa, ki reagirajo z lastnimi antigeni. Reakcija avtoprotiteles z lastnimi antigeni je odgovorna za vnetja, poškodbe in disfunkcijo tkiv in organov, kar vodi do znakov in simptomov avtoimunskih motenj.
