Ključna razlika med hierarhičnim zaporedjem pušk s celotnim genomom je v tem, da se pri hierarhičnem sekvenciranju puške genom pred zaporedjem razbije na večje fragmente, medtem ko je pri sekvenciranju pušk s celotnim genomom celoten genom razdeljen na majhne drobce za zaporedje.
Zaporedje je pomembna tehnika v molekularnih procesih, zlasti pri natančni identifikaciji vrst. Pravzaprav gre za tehniko prepoznavanja natančnega vrstnega reda nukleotidov v genu ali genomu. Tehnik zaporedja je veliko. Nekatere med njimi vključujejo metodo Maxam Gilbert, Sangerjevo metodo in avtomatizirano Sangerjevo metodo.
