Ključna razlika med zaporedjem klonov in zaporedjem pušk je v načinu njihovega vedenja. Metoda zaporednega kloniranja s kloniranjem vključuje preslikavo kromosomov in kloniranje pred zaporedjem, medtem ko kloniranje s sekvenciranjem puške med zaporedjem izpušča korake kartiranja in kloniranja kromosomov.
Kloniranje s kloniranjem in kloniranje s puško sta dve metodi sodobnega zaporedja genoma. Kloniranje s kloniranjem je zanesljivejša metoda zaporedja. Vendar je metoda kloniranja z zaporedjem pušk hitrejša in cenejša. Članek se osredotoča na subtilno razliko med zaporedjem klonov in zaporedjem pušk.