Ključna razlika med podobnostjo in identiteto pri poravnavi zaporedja je, da je podobnost podobnost (podobnost) med dvema zaporedjema v primerjavi, medtem ko je identiteta število znakov, ki se natančno ujemata med dvema različnima zaporedjema.
Bioinformatika je interdisciplinarno znanstveno področje, ki vključuje predvsem molekularno biologijo in genetiko, računalništvo, matematiko in statistiko. Poravnava zaporedja je glavni izraz v bioinformatiki. Postopek, pri katerem so zaporedja DNA, RNA ali beljakovin razporejena za prepoznavanje podobnosti, je posledica funkcionalnega, strukturnega ali evolucijskega razmerja med zaporedji. Na koncu poravnave bodo predstavljene kot vrstice znotraj matrike. Za poravnavo enakih znakov v zaporednih kolomih so med ostanki prisotne vstavljene reže.
