Ključna razlika med homologijo in podobnostjo v bioinformatiki je, da se homologija nanaša na izjavo o skupnem evolucijskem predniku dveh zaporedij, medtem ko se podobnost nanaša na stopnjo podobnosti med dvema zaporedjema.
Bioinformatika je področje znanosti, ki za analizo in interpretacijo bioloških podatkov združuje biologijo, informacijski inženiring, računalništvo, matematiko in statistiko. Homologija in podobnost sta dva izraza, ki ju uporabljamo na področju bioinformatike. Podobnost lahko enostavno izračunamo kot odstotek podobnih ostankov v dani dolžini trase. Vendar homologije ne moremo izračunati, saj je lahko resnična ali napačna in je običajno odvisna od uporabljene hipoteze.
