Ključna razlika med ubikinoni in citokromi je, da ubikinoni (CoQ) niso beljakovine, medtem ko so citokromi beljakovine.
Elektronska transportna veriga je zadnja stopnja aerobnega dihanja. Zato se pojavlja v notranji membrani mitohondrijev. Poleg tega je sestavljen iz elektronskih nosilcev, ki olajšajo nastajanje protonskega gradienta čez membrano. Razen NAD in flavoproteinov so ubikinoni in citokromi dve vrsti nosilcev elektronov, vključenih v verigo prenosa elektronov. Ubikinoni so hidrofobne organske molekule, ki niso topne v lipidih, medtem ko so citokromi beljakovine, ki vsebujejo železo.
