Ključna razlika med pomnoževanjem genov in kloniranjem genov je v tem, da je pomnoževanje genov postopek kopiranja gena, ki nas zanima, in vitro z verižno reakcijo s polimerazo. Kloniranje genov je postopek izdelave številnih kopij gena, ki nas zanima, in vivo z izdelavo rekombinantnega plazmida in njegovo pretvorbo v gostiteljsko bakterijo.
Gen je specifičen fragment DNA, ki kodira protein. Organizem ima na tisoče genov. Poleg tega je mogoče pomnožiti zaporedja DNA pomembnih genov z uporabo molekularno bioloških tehnik. Pomnoževanje genov in kloniranje genov sta dva takšna postopka. Oba postopka proizvedeta veliko kopij gena, ki nas zanima. Vendar pa obstaja razlika med gensko amplifikacijo in kloniranjem genov v smislu njihove metodologije.
