Ključna razlika med cis cikloheksanom in transcikloheksanom je v tem, da ima cis cikloheksan substituente, ki kažejo na isto ravnino obroča, medtem ko ima transcikloheksan substituente, ki kažejo na nasprotni ravnini.
Cikloheksan je cikloalkan, v katerem je šestčlenski ogljikov obroč, ki obstaja v konformaciji stola. V konformaciji stola ima ta spojina najmanjši kotni napor; tako je bolj stabilna kot druge možne konformacije. Poleg tega je v tej konformaciji polovica atomov vodika, povezanih z atomi ogljika, v ravnini obroča. Temu pravimo kot ekvatorialno pozicioniranje. Druga polovica se nahaja pravokotno na ravnino obroča. Temu pravimo aksialno pozicioniranje. Ko sta v cikloheksanu dva ali več substituentov, lahko opazujemo cis in trans izomerijo tako, da opazujemo, ali so substituenti v ekvatorialnem ali aksialnem položaju.
