Ključna razlika med cis in transmaščobnimi kislinami je v tem, da imajo cis maščobne kisline dva vodikova atoma, pritrjena na dvojno vez na isti strani ogljikove verige, medtem ko imajo transmaščobne kisline dva vodikova atoma, vezana na dvojno vez v nasprotni strani ogljikove verige.
Maščobne kisline so karboksilne kisline, ki vsebujejo dolge alifatske ogljikove verige, ki so bodisi nasičene bodisi nenasičene. To pomeni, da lahko alifatska veriga vsebuje ali ne dvojne vezi med ogljikovimi atomi. Cis in trans maščobne kisline sta dve obliki nenasičenih maščobnih kislin.
