Ključna razlika med estrom in etrom je, da je funkcionalna skupina estra –COO, medtem ko je funkcionalna skupina etra –O-.
Ester in eter sta organska molekula z atomi kisika. Estri imajo skupino –COO. Tu je en atom kisika vezan na ogljik z dvojno vezjo, drugi kisik pa z enojno vezjo. Ker se z ogljikovim atomom povežejo le trije atomi, ima okoli njega trigonalno plosko geometrijo. Poleg tega je atom ogljika sp 2 hibridiziran. Poleg tega je ester derivat karboksilne kisline. Eter pa ima atom kisika z dvema enojnima vezema z dvema alkilnima ali arilnima skupinama. Atom kisika ima tudi dva osamljena elektronska para.
