Ključna razlika med ribozimi in beljakovinskimi encimi je, da so ribozimi molekule RNK, ki lahko katalizirajo določene biokemične reakcije, medtem ko so beljakovinski encimi beljakovinske molekule, ki lahko katalizirajo večino biokemičnih reakcij, ki se pojavljajo v živih organizmih.
Encimi so biološki katalizatorji in pospešujejo hitrost biokemijskih reakcij. Na splošno so vsi encimi beljakovine, sestavljene iz aminokislin. Zato jih imenujemo tudi beljakovinski encimi. Vendar obstajajo posebne molekule RNA, ki lahko delujejo kot katalizatorji določenih biokemičnih reakcij. So ribocimi ali encimi ribonukleinske kisline. Tako ribozimi kot proteinski encimi opravljajo enako funkcijo, ki je katalizator biokemičnih reakcij.
