Ključna razlika med metaloencimi in kovinsko aktiviranimi encimi je v tem, da imajo metaloencimi kot kofaktor trdno vezani kovinski ion, kovinski ioni v kovinsko aktiviranih encimih pa niso trdno vezani.
Dejavnost nekaterih encimov je odvisna od kovinskih ionov, ker ti kovinski ioni delujejo kot kofaktorji. Ti encimi so v dveh glavnih kategorijah kot metaloencimi in kovinsko aktivirani encimi. Zato se ti encimi med seboj razlikujejo glede na prisotnost ali odsotnost tesno vezanih kovinskih ionov. Pogovorimo se o več podrobnostih o teh encimih.