Ključna razlika med fotosistemom 1 in fotosistemom 2 je, da ima fotosistem 1 reakcijski center, ki vsebuje klorofil, molekulo P700, ki absorbira svetlobo pri valovni dolžini 700 nm. Po drugi strani ima fotosistem II reakcijski center, ki vsebuje klorofil, molekulo P680, ki absorbira svetlobo pri valovni dolžini 680 nm.
Fotosistemi so zbirka molekul klorofila, pomožnih molekul pigmenta, beljakovin in majhnih organskih spojin. Obstajata dva glavna fotosistema; fotosistema I (PS I) in fotosistema II (PS II), ki sta prisotna v tilakoidnih membranah kloroplastov v rastlinah. Oba izvajata svetlobno reakcijo fotosinteze. Skladno s tem rastline v bistvu potrebujejo oba fotosistema. To je zato, ker odstranjevanje elektronov iz vode zahteva več energije kot svetlobno aktivirani fotosistem, ki ga lahko priskrbim. Posledično lahko fotosistem II absorbira svetlobo s krajšo valovno dolžino (višjo energijo) in se v tandemu poveže s PS I, kar omogoča neciklični pretok elektronov.
