Ključna razlika med cianobakterijami in algami je, da so cianobakterije skupina prokariontskih bakterij, medtem ko so alge majhni evkariontski rastlinski organizmi.
Fotosinteza je izjemno pomemben postopek, ki energijo sončne svetlobe pretvori v kemično energijo ogljikovih hidratov. Zato je proces, ki določenim organizmom omogoča, da si sami ustvarijo hrano, ti organizmi pa so znani kot fotoavtotrofi. Zelene rastline, alge in cianobakterije so prav tako tri vrste fotoavtrofov. Med temi tremi vrstami so cianobakterije prokarionti, ki so bakterije. Po drugi strani pa so zelene rastline in alge evkariontski organizmi. Pri obravnavi cianobakterij in alg gre za mikroskopske organizme, za razliko od zelenih rastlin. Vendar se cianobakterije in alge med seboj razlikujejo predvsem po celični organizaciji. Namen tega članka je pojasniti razliko med cianobakterijami in algami.
