Ključne razlike med cianobakterijami in proteobakterijami ni mogoče natančno razbrati. Vendar pa so cianobakterije, znane kot modro-zelene alge, popolnoma fotosintetične, medtem ko proteobakterije sestavljajo najrazličnejše gram negativne organizme, od katerih so nekateri organizmi fotosintetični.
Čeprav imajo cianobakterije in proteobakterije veliko skupnih značilnosti, se lahko glede na njihovo sposobnost fotosinteze med seboj razlikujejo. Oba pa sta industrijsko pomembna organizma, pa tudi organizma, ki povzročata bolezni.
