Ključna razlika med bakterijami in evkarionti je v tem, da bakterijam primanjkuje pravega jedra in z membrano vezanih organelov, medtem ko imajo evkarionti pravo jedro in membransko vezane organele.
Celica je osnovna funkcionalna in strukturna enota vseh živih organizmov. Glede na osnovno zgradbo celice obstajata dve osnovni kategoriji organizmov, in sicer prokarionti in evkarionti. Prokarionti so enocelični organizmi s preprosto celično strukturo. Vključujejo dve glavni skupini; Bakterije in arheje. Po drugi strani pa imajo evkarionti zapletene celične strukture z dobro organiziranimi celicami. Vključujejo protiste, glive, rastline in živali. Ker so bakterije in evkarionti živi organizmi, si delijo nekatere podobnosti, na primer s celično membrano, ribosomi, DNA, ki nosi genetske informacije itd. Ker pa so bakterije prokarionti, imajo bakterije in evkarionti številne strukturne in funkcionalne razlike z evkarionti. Namen tega članka je poudariti razliko med bakterijami in evkarionti.
