Ključna razlika med mikrofagom in makrofagom je, da je mikrofag vrsta majhnega fagocita, ki živi le nekaj dni, medtem ko je makrofag vrsta večjega fagocita z daljšim življenjem.
Naš imunski sistem se bori z napadalnimi patogenimi mikroorganizmi in nas varuje. Torej gre za zapleten sistem, ki izvaja številne različne obrambne mehanizme, da bi odkrival napadalce in jih uničil. Fagocitoza je en mehanizem, pri katerem fagociti zaužijejo napadljive delce in jih ubijejo. Fagociti so celice, ki lahko zajemajo in absorbirajo bakterije, druge tuje celice in nalezljivi delci pa jih uničujejo. V skladu s tem obstajata dve glavni vrsti fagocitov, in sicer mikrofag in makrofag. Mikrofag je majhen polimorfonuklearni fagocit, ki se pojavlja v velikem številu. Po drugi strani pa je makrofag vrsta fagocitov, ki je nameščen na več pomembnih mestih v našem telesu, da bi deloval kot prvi obrambni mehanizem pred napadi delcev. So največji jedci našega imunskega sistema.
