Ključna razlika med fermentacijo in dihanjem je, da fermentacija poteka v odsotnosti kisika, medtem ko dihanje potrebuje kisik.
Organizmi potrebujejo energijo za izvajanje celičnih dejavnosti. Tako ustvarjajo energijske molekule v obliki ATP. Uporabljajo različne podlage in se razgradijo v različne oblike, energija, ki se sprošča, pa se pretvori v energijske molekule, ki jih celice lahko uporabljajo. Glukoza je glavni substrat mnogih organizmov. Fermentacija in dihanje sta dva celična procesa, ki ustvarjata energijo z razgradnjo glukoze v več korakih. Vendar je dihanje učinkovitejše in proizvaja več molekul ATP kot fermentacija.
