Ključna razlika med pepsinom in proteazo je, da je pepsin ena vrsta proteaze, medtem ko je proteaza encim, ki beljakovine cepi na aminokisline.
Beljakovine so pomembne makromolekule iz različnih aminokislin. Aminokisline so gradniki beljakovin in se z amidnimi vezmi polimerizirajo v beljakovine. Nekateri encimi lahko beljakovine razgradijo v aminokisline in so znane kot proteaze. Obstajajo različne vrste proteaz, ki se razlikujejo glede na mehanizem hidrolize. Med njimi je pepsin, ki je želodčna proteaza, ena takih vrst.
