Ključna razlika - Alpha Helix proti beta nagubanemu listu
Alfa vijačnice in beta nagubani listi sta dve najpogostejši sekundarni strukturi v polipeptidni verigi. Ti dve strukturni komponenti sta prva glavna koraka v procesu zlaganja polipeptidne verige. Ključna razlika med Alpha Helix in Beta Pleated Sheet je v njihovi strukturi; imajo dve različni obliki za opravljanje določenega dela.
Kaj je Alpha Helix?
Alfa vijačnica je desna tuljava aminokislinskih ostankov na polipeptidni verigi. Območje aminokislinskih ostankov se lahko giblje od 4 do 40 ostankov. Vodikove vezi, ki nastanejo med kisikom C = O skupine na zgornji tuljavi in vodikom NH skupine spodnje tuljave, pomagajo držati tuljavo skupaj. Na vsake štiri aminokislinske ostanke v verigi se na zgornji način tvori vodikova vez. Ta enakomeren vzorec mu daje določene značilnosti, kot je debelina tuljave, in narekuje dolžino vsakega celotnega obrata vzdolž osi vijačnice. Stabilnost strukture alfa vijačnice je odvisna od več dejavnikov.
O-atomi v rdeči, N-atomi v modri in vodikove vezi kot zelene pikčaste črte
Kaj je beta nagubani list?
Beta nagubani list, znan tudi kot beta list, velja za drugo obliko sekundarne strukture v beljakovinah. Vsebuje beta verige, ki so bočno povezane z najmanj dvema ali tremi hrbtenicnimi vodikovimi vezmi, da tvorijo zvit, naguban list, kot prikazuje slika. Beta veriga je del polipeptidne verige; njegova dolžina je običajno enaka 3 do 10 aminokislinam, vključno s hrbtenico v razširjeni potrditvi.
4-verižni fragment antiparallelnega β lista iz kristalne strukture encima katalaze.
a) prikaz antiparalelnih vodikovih vezi (pikčasto) med peptidnima skupinama NH in CO na sosednjih verigah. Puščice označujejo smer verige, konture gostote elektronov pa označujejo atome, ki niso H. O-atomi so rdeče kroglice, N-atomi so modri in H-atomi so zaradi enostavnosti izpuščeni; stranske verige so prikazane samo do prvega atoma
stranske verige C (zeleno) b) Pogled od roba na osrednji dve β verigi
V beta nagubanih listih polipeptidne verige potekajo ena ob drugi. Ime "nagubani list" dobi zaradi valovitega videza strukture. Povezani so z vodikovimi vezmi. Ta struktura omogoča tvorjenje več vodikovih vezi z raztezanjem polipeptidne verige.
Kakšna je razlika med Alpha Helix in Beta Pleated Sheet?
Struktura alfa vijačnice in beta nagubanega lista
Alpha Helix:
V tej strukturi je polipeptidna hrbtenica tesno vezana okoli namišljene osi kot spiralna struktura. Znana je tudi kot helikoidna razporeditev peptidne verige.
Struktura alfa vijačne strukture se zgodi, ko se polipeptidne verige zvijejo v spiralo. To omogoča vsem aminokislinam v verigi, da med seboj tvorijo vodikove vezi (vez med molekulo kisika in molekulo vodika). Vodikove vezi omogočajo vijačnici, da drži spiralno obliko in daje tesno tuljavo. Ta spiralna oblika naredi alfa vijačnico zelo močno.
Vodikove vezi so označene z rumenimi pikami.
Beta nagubani list:
Ko se dva ali več fragmentov polipeptidnih verig prekrivata med seboj in tvorita vrsto vodikovih vezi, lahko najdemo naslednje strukture. To se lahko zgodi na dva načina; vzporedna razporeditev in protismerna razporeditev.
Primeri strukture:
Alfa vijačnica: Nohte na rokah ali nogah lahko vzamemo kot primer strukture alfa vijačnice.
Beta nagubani list: Struktura perja je podobna strukturi beta nagubanega lista.
Značilnosti strukture:
Alfa vijačnica: V strukturi alfa vijačnice je 3,6 aminokislin na obrat vijačnice. Vse peptidne vezi so trans in ravninske, skupine NH v peptidnih vezah pa kažejo v isto smer, ki je približno vzporedna z osjo vijačnice. Skupine C = O vseh peptidnih vezi kažejo v nasprotno smer in so vzporedne z osjo vijačnice. Skupina C = O vsake peptidne vezi je vezana na NH skupino peptidne vezi, ki tvori vodikovo vez. Vse skupine R so usmerjene navzven od vijačnice.
Beta nagubani list: Vsaka peptidna vez v nagubanem listu beta je ploska in ima transkonformacijo. Skupine C = O in NH peptidnih vezi iz sosednjih verig so v isti ravnini in so usmerjene druga proti drugi, ki med seboj tvori vodikovo vez. Vse skupine R v kateri koli verigi se lahko pojavijo nad in pod ravnino pločevine.
Definicije:
Sekundarna zgradba: Je oblika zložljivega proteina zaradi vodikove vezi med hrbtenico amidne in karbonilne skupine.
