Ključna razlika med največjo možno škodljivostjo in največjo verjetnostjo je odvisna od metode, uporabljene pri razvoju filogenetskega drevesa. Največje varčevanje se osredotoča na zmanjšanje celotnih stanj znakov med gradnjo filogenetskega drevesa, medtem ko je največja verjetnost statistični pristop k risanju filogenetskega drevesa, odvisno od verjetnosti med genetskimi podatki.
Filogenija je nov pristop k razvrščanju in nomenklaturi organizmov. Filogenija se opira na genetske podatke in evolucijske odnose. Genetski podatki so rezultat zaporedja DNA. V filogeniji klasifikacija organizmov poteka na podlagi skupnega prednika. Največja varčnost in največja verjetnost filogenetskega razmerja povečata natančnost in zanesljivost filogenetskega drevesa.
