Ključna razlika med VNTR in sondo je, da je VNTR kratko nukleotidno zaporedje, ki se v genomu pojavi kot tandemska ponovitev, medtem ko je sonda umetno sintetizirano kratko zaporedje DNA ali RNA, ki bi ga lahko radioaktivno označili.
VNTR pomeni ponovitev tandema s spremenljivim številom. Je kratko nukleotidno zaporedje, organizirano v tandemskih ponovitvah v genomu. VNTR se naravno pojavljajo v našem genomu. Sonda je umetno sintetizirano kratko zaporedje DNA ali RNA. Tako sonda kot VNTR sta nukleinske kisline ali kratka nukleotidna zaporedja. Neizmerno jih uporabljajo v različnih molekularno-bioloških tehnikah, predvsem v forenzičnih študijah. VNTR in sonda imata nekaj podobnosti in razlik. Zato članek poskuša izpostaviti razliko med VNTR in sondo.