Ključna razlika med koencimom in kofaktorjem je, da so koencimi organske molekule, kofaktorji pa so lahko organske ali anorganske molekule.
Encimi so bistvene biološke makromolekule. So biološki katalizatorji, ki v zelo blagih pogojih povečajo hitrost bioloških reakcij. Poleg tega so encimi beljakovine; tako, ko so izpostavljeni visoki stopnji toplote, koncentracijam soli, mehanskim silam, organskim topilom in koncentriranim kislinskim ali bazičnim raztopinam, se navadno denaturirajo. Včasih encimi potrebujejo podporo druge molekule ali iona, da imajo določeno funkcijo. Koencimi in kofaktorji so takšne molekule.
