Ključna razlika med molekulo in atomom je v tem, da je molekula kombinacija dveh ali več atomov s kemično vezjo, medtem ko je atom posamezna kemična vrsta, ki se lahko med seboj kombinira in tvori molekule in ione.
Vsa snov na svetu je sestavljena iz atomov in molekul, zato jih lahko obravnavamo kot gradnike vsega na tem planetu, vključno z nami. Poenostavljeno lahko rečemo, da je najosnovnejša in tudi najmanjša enota katerega koli kemičnega elementa atom. Kemični element je vrsta atomov. Na primer, najmanjša enota kisikovega plina je atom kisika; lahko ga predstavimo s črko O. Vendar ta atom kisika ne obstaja samostojno in šele, ko se kemično kombinira z drugim atomom kisika, postane stabilen. Nato postane molekula in jo lahko predstavimo s kemijsko formulo O 2.
