Ključna razlika - RAPD vs RFLP
Genetski markerji se v molekularni biologiji uporabljajo za ugotavljanje genetskih razlik med posamezniki in vrstami. Naključno ojačana polimorfna DNA (RAPD) in polimorfizem dolžine omejenega fragmenta (RFLP) sta dva pomembna molekularna označevalca, ki se rutinsko uporabljata v laboratorijih. RAPD se izvaja s kratkimi in poljubnimi oligonukleotidnimi primerji in temelji na naključnem pomnoževanju več lokacij v celotni DNA vzorca organizma. RFLP se izvaja s posebno restrikcijsko endonukleazo in temelji na polimorfizmu nastalih restrikcijskih fragmentov in hibridizaciji. Ključna razlika med RAPL in RFLP je, da je RAPD vrsta tehnike PCR, ki se izvaja brez predhodnega znanja o zaporedju, medtem ko RFLP ni vključen v PCR in za izvedbo tehnike zahteva predhodno znanje zaporedja.
VSEBINA
1. Pregled in ključna razlika
2. Kaj je RAPD
3. Kaj je RFLP
4. Vzporedna primerjava - RAPD vs RFLP
5. Povzetek
Kaj je RAPD?
RAPD je koristen molekularni marker v molekularni biologiji. Je hitra in enostavna tehnika. RAPD lahko definiramo kot metodo, ki ima za posledico polimorfna zaporedja DNA kot rezultat naključnega pomnoževanja več lokacij ciljne DNA-predloge. RAPD za amplifikacijo PCR uporablja kratke oligonukleotidne primerje z poljubnimi zaporedji. Primerji se umetno sintetizirajo brez predhodnega poznavanja zaporedja. Zato velja za enostavno in uporabno tehniko.
Naslednji glavni koraki so vključeni v RAPD.
- Ekstrakcija ciljne DNA
- Ojačanje več lokacij ciljne DNA z uporabo naključno izbranih primerjev
- Gelna elektroforeza ojačenih produktov PCR
- Obarvanje z etidijevim bromidom in identifikacija polimorfizma
Kot rezultat spremembe žarjenja temeljnega premaza med ojačevanjem nastanejo različni fragmenti z različno dolžino. Zato so vzorci trakov na gelih različni med posamezniki in vrstami. Tako RAPD omogoča odkrivanje genskih variacij med organizmi pri identifikaciji in diferenciaciji.
RAPD se uporablja v različnih študijah molekularne biologije, kot so identifikacija genetske razlike med sorodnimi vrstami, kartiranje genov, odvzem prstnih odtisov DNK, identifikacija dednih bolezni itd.
Slika 01: RAPD
Kaj je RFLP?
Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLPs) je molekularni marker, ki se uporablja v molekularni biologiji za identifikacijo genskih variacij v homolognih sekvencah DNA. Je prvi genetski marker, razvit za odvzem prstnih odtisov DNK. Vsi organizmi proizvajajo edinstvene profile DNK, če so omejeni s posebnimi restrikcijskimi encimi. RFLP je pomembno orodje za izdelavo edinstvenih DNK profilov posameznikov in odkrivanje genskih variacij med njimi. Ko se vzorci DNK prebavijo s posebnimi restrikcijskimi endonukleazami, dobimo različne profile DNK, ki so značilni za vsakega posameznika. Zato je glavna metoda te metode odkrivanje genskih variacij med organizmi z omejevanjem homologne DNA s specifičnimi restrikcijskimi encimi in analiza polimorfizma dolžine fragmentov z gelsko elektroforezo in blotiranjem. Vzorci črpanja so značilni za vsak organizem in so značilni za določene genotipe.
RFLP vključuje naslednje korake.
- Izolacija zadostne količine DNA iz vzorcev
- Fragmentacija vzorcev DNA s specifičnimi restrikcijskimi endonukleazami v kratko zaporedje
- Ločevanje dobljenih fragmentov z različno dolžino z elektroforezo v agaroznem gelu.
- Prenos gelskega profila v membrano z Southern blot-om
- Hibridizacija membrane z označenimi sondami in analiza polimorfizma dolžine fragmentov v vsakem profilu
RFLP ima različne aplikacije, kot so diagnoza dednih bolezni, kartiranje genoma, identifikacija kaznivih dejanj v forenzičnih študijah, testiranje očetovstva itd.
Slika 02: Genotipizacija RFLP
Kakšna je razlika med RAPD in RFLP?
Diff Article Sredina pred mizo
RAPD proti RFLP |
|
| RAPD je molekularni marker, ki temelji na naključnih začetnikih in PCR. | RFLP je molekularni marker, ki temelji na proizvodnji različnih dolžinskih restrikcijskih fragmentov. |
| Zahtevan vzorec | |
| Za analizo RAPD zadostujejo majhni vzorci DNA. | Za analizo RFLP je potrebna velika količina ekstrahiranega vzorca DNA. |
| Čas | |
| RAPD je hiter postopek. | RFLP je dolgotrajen postopek. |
| Uporaba temeljnega premaza | |
| Uporabljajo se naključni temeljni premazi in isti primerki se lahko uporabljajo za različne vrste. | Sonde, specifične za posamezne vrste, se v RFLP uporabljajo za hibridizacijo. |
| Zanesljivost | |
| Zanesljivost tehnike je v primerjavi z RFLP manjša. | RFLP je zanesljiva tehnika. |
| Blotting | |
| RAPD vključuje južno blotiranje. | Southern blot je en korak RFLP. |
| Odkrivanje alelnih variacij | |
| RAPD ne more zaznati aleličnih variacij. | Alelne variacije lahko zazna RFLP. |
| Potreba po znanju zaporedja | |
| RAPD ne zahteva predhodnega poznavanja zaporedja. | Za načrtovanje sonde je potrebno predhodno znanje o zaporedju. |
| PCR | |
| PCR je vključen v RAPD | PCR ni vključen v RFLP. |
| Obnovljivost | |
| RAPD ima nizko obnovljivost | RFLP ima visoko obnovljivost v primerjavi z RAPD. |
Povzetek - RAPD vs RFLP
RAPD in RFLP sta pomembna označevalca, ki se uporabljata v molekularni biologiji. Obe metodi lahko zaznata genske razlike med organizmi. RAPD se izvaja z naključnimi primerji. RFLP se izvaja z uporabo posebnih restrikcijskih encimov. Obe metodi ustvarjata DNK profile, značilne za posamezne organizme. RAPD vključuje relativno malo korakov kot RFLP. Vendar daje manj zanesljive in ponovljive rezultate kot RFLP. To je glavna razlika med RAPD in RFLP.
