Ključna razlika med UTR in intronom je, da je UTR nekodirajoče nukleotidno zaporedje, ki je vključeno v zrelo zaporedje mRNA, medtem ko je intron zaporedje, ki ni vključeno v zrelo molekulo mRNA.
UTR ali neprevedeno območje je nekodirajoče zaporedje, ki ga najdemo v molekuli mRNA. Na vsaki strani zaporedja mRNA lahko vidimo po en UTR. Zato obstajata dve UTR kot 5'UTR in 3'UTR. Nasprotno pa je intron nekodirajoče zaporedje, ki ga najdemo med eksoni gena. Pri izdelavi mRNA se introni odsekajo. Zato introna v zaporedju mRNA ne vidimo. Vendar sta UTR in intron pomembna elementa evkariontskih genoma.
