Ključna razlika med genokopijo in fenokopijo je v tem, da imajo fenotipi v genokopijah podobnost in se genotip spreminja, medtem ko se fenotipi razlikujejo in genotip ostaja nespremenjen.
Razlika med genokopijo in fenokopijo je povezana z razlago redkih pojavov genetike. Oba koncepta dokazujeta, kako se lahko tradicionalna genetika ali mendelska genetika razlikujeta glede na izjeme v naravi. Genokopija se nanaša na pojav dajanja podobnega fenotipa, čeprav ima drugačen genotip. V nasprotju s tem se fenokopija nanaša na pojav različnih fenotipov, kljub temu da genotip ostane nespremenjen.
