Ključna razlika med anammoxom in denitrifikacijo je v tem, da se anammox nanaša na anaerobno amonijevo oksidacijo, ki v anoksičnih pogojih pretvori amonij in nitrite v plin iz dušika. Medtem ko je denitrifikacija biološka transformacija nitrata v N 2 z denitrificiranjem bakterij.
Dušikov cikel je pomemben biogeokemični cikel, v katerem se dušik pretvori v različne kemične oblike, kot so NH 3, NH 4 +, NO 2 -, NO 3 -itd. V ciklu dušika opazimo štiri glavne procese. So fiksacija, amonifikacija, nitrifikacija in denitrifikacija. Mnogo teh procesov izvajajo mikroorganizmi, zlasti bakterije, prisotne v tleh. Anammox je eden najnovejših dodatkov dušikovega cikla. Gre za postopek anaerobne amonijeve oksidacije. Ta postopek izvaja posebna skupina bakterij, znana kot planktomiceti. Imajo poseben organel, imenovan anammoksosomi, ki zagotavlja mesto anammoksne reakcije. Vendar na koncu denitrifikacija in anammoks tvorita plin dušik.
