Ključna razlika med BCAA in aminokislinami je, da je BCAA aminokislina z razvejano verigo, ki ima alifatske stranske verige z vejo, medtem ko so aminokisline organske spojine, ki vsebujejo aminske skupine, karboksilne skupine in določeno stransko verigo.
Aminokisline so gradniki beljakovin. Stranska skupina (R) aminokisline določa lastnosti aminokisline. Zato je ta stranska skupina specifična za aminokisline. Z drugimi besedami, različne aminokisline imajo različne stranske skupine. Vendar imajo BCAA dodatno edinstvenost; osrednji atom ogljika, vezan na tri ali več atomov ogljika.
