Ključna razlika - zaporedje mikromrež in zaporedja naslednje generacije
Postopki zaporedja DNA se pogosto uporabljajo na področjih biotehnologije, virologije, medicinske diagnostike in forenzičnih znanosti. To je postopek, ki določa natančen vrstni red nukleotidov, adenina, gvanina, timina in citozina, prisotnih v molekuli DNA. Postopki zaporedja DNK so postali pospeševalnik čudežnih odkritij v medicinskih in bioloških raziskavah. Te metode sekvenciranja so se razvile do zaporedja celotnega genoma posameznih organizmov, vključno z ljudmi in drugimi živimi vrstami. Mikrorezi in zaporedje naslednje generacije so sodobni postopki zaporedja DNA. Tehnika mikromrež temelji posebej na hibridizaciji, ki vsebuje nabor znanih tarč. Sekvenciranje naslednje generacije temelji na sintezi (ki uporablja DNA polimerazo za vključitev nukleotidov) in ima sposobnost zaporedja celotnega genoma neodvisno od predhodno izbranih tarč. To je ključna razlika med zaporedjem mikromrež in naslednjo generacijo.
VSEBINA
1. Pregled in ključna razlika
2. Kaj je mikromreža
3. Kaj je sekvenciranje naslednje generacije
4. Podobnosti med sekvenciranjem mikromrež in zaporedja naslednje generacije
5. Vzporedna primerjava - sekvenciranje mikromrež in naslednjih generacij v tabelarni obliki
6. Povzetek
Kaj je Microarray?
DNA mikromreža se uporablja kot laboratorijsko orodje za istočasno identifikacijo tisočih različnih genskih ekspresij. Gre za trdno površino, to je mikroskopski diapozitiv, ki vsebuje na njej natisnjeno zbirko mikroskopskih peg DNA. Vsako natisnjeno mesto vsebuje znano gensko zaporedje ali gen. Te znane sonde, natisnjene na drsniku, služijo kot sonde za zaznavanje izražanja genov. To je znano kot prepis. Hibridizacija med dvema verigama DNA je glavno načelo, na katerem temeljijo mikromreže. Je komplementarno bazno povezovanje zaporedij nukleinskih kislin s tvorbo vodikovih vezi.
Slika 01: Microarray
Na začetku se molekule mRNA zberejo iz poskusnega vzorca in referenčnega vzorca, pridobljenega od zdravega posameznika. Poskusni vzorci so pridobljeni od obolelih posameznikov; na primer posameznik, ki trpi za rakom. Ko se dobita, se oba vzorca mRNA pretvorita v cDNA (komplementarna DNA). Nato je vsak vzorec označen s fluorescentno sondo. Fluorescentne sonde so različnih barv, da ločijo vzorčno cDNA od referenčne cDNA. Da bi sprožili vezavo molekul cDNA na drsnik mikromreže, oba vzorca pomešamo skupaj. Hibridizacija je postopek, s katerim se molekule cDNA pritrdijo na sonde DNA na diapozitivu mikromreže. Ko je hibridizacija končana,poteka vrsta reakcij, da se prepozna in izmeri izražanje vsakega gena s pojavom različnih barv glede na količino izraženega gena. Rezultati mikromrež se uporabljajo pri ustvarjanju profila ekspresije genov, ki se lahko uporablja za prepoznavanje različnih stanj bolezni.
Kaj je zaporedje naslednje generacije?
Sekvenciranje naslednje generacije (NGS) je napredna metoda genetskega zaporedja. Njeno načelo je podobno načelu Sangerjevega zaporedja, ki je odvisno od kapilarne elektroforeze. V NGS je genomska veriga razdrobljena in vezana na predlogo. Osnove vsake verige se prepoznajo po oddanih signalih med njenim postopkom ligacije. Pri Sangerjevi metodi zaporedja so vključeni trije ločeni koraki, zaporedje, ločevanje in zaznavanje. Zaradi teh ločenih korakov je avtomatizacija priprave vzorca omejena v pretoku. V NGS se tehnika razvija z uporabo zaporedja na osnovi nizov s kombinacijo korakov Sangerjevega postopka zaporedja, ki lahko povzročijo, da se hkrati izvajajo milijoni reakcijskih serij; to ima za posledico visoko hitrost in prepustnost z nizkimi stroški.
Slika 02: Razvoj NGS
NGS je sestavljen iz treh korakov; priprava knjižnice (ustvarjanje knjižnic z uporabo naključne fragmentacije DNA), amplifikacija (amplifikacija knjižnice s klonsko amplifikacijo in PCR) in zaporedje. Postopke zaporedja genoma, ki se izvajajo izjemno dolgo, s pomočjo postopka Sangerjevega zaporedja, bi lahko v nekaj urah zaključili z uporabo NGS.
Kakšna je podobnost med zaporedjem mikromrež in naslednjo generacijo?
Tako zaporedje mikromrež kot naslednja generacija sta razvita z zaporedjem na osnovi matrike
Kakšna je razlika med zaporedjem mikromrež in naslednjo generacijo?
Diff Article Sredina pred mizo
Microarray vs zaporedje naslednje generacije |
|
| Microarray je zbirka mikroskopskih DNA madežev, pritrjenih na trdno površino, ki se uporablja za istočasno merjenje ravni izražanja velikega števila genov. | NGS (naslednja generacija zaporedja) je tehnologija, ki ne temelji na Sangerju, z visoko zmogljivo sekvenciranje DNA, ki omogoča vzporedno sekvenciranje milijonov ali milijard verig DNA |
| Interakcije z antigenom | |
| Microarray temelji na hibridizaciji, ki je sestavljena iz niza znanih tarč. | NGS temelji na sintezi, ki uporablja DNA polimerazo za vključitev nukleotidov in je neodvisna od predhodno izbranih tarč. |
Povzetek - zaporedje mikromrež in naslednja generacija
V okviru raziskav je zaporedje DNA postalo pomemben pospeševalnik. Veliko se uporablja v biotehnologiji, medicinski diagnostiki in forenzičnih študijah. Razvil se je in razvil v učinkovitejše in hitrejše postopke zaporedja. Mikrorezi in NGS sta dve napredni tehniki sekvenciranja DNA. Oba sta razvita z zaporedjem na osnovi nizov. Tehnika mikromrež temelji na hibridizaciji, medtem ko NGS temelji na sintezi, ki uporablja DNA polimerazo za vključitev nukleotidov. To je glavna razlika med zaporedjem mikromrež in naslednjo generacijo.
Prenesite PDF različico Microarray vs zaporedje naslednje generacije
Lahko prenesete različico tega članka v obliki PDF in jo uporabite za uporabo brez povezave, kot je navedeno v opombi. Prenesite različico PDF tukaj Razlika med zaporedjem mikromrež in zaporedjem naslednje generacije
