Ključna razlika med patofiziologijo in patogenezo je v tem, da patofiziologija pojasnjuje pogoje, ki so običajno opaženi med bolezenskim stanjem, pa tudi procese ali mehanizme, ki delujejo v organizmu, medtem ko patogeneza pojasnjuje izvor in razvoj bolezni ter ali je bolezen akutna, kronična ali ponavljajoča se.
Patofiziologija in patogeneza sta dva podobna izraza, ki se uporabljata za razlago pojava bolezni ter s tem povezanih mehanizmov in značilnosti. Patofiziologija zadeva pogoje, ki jih opazimo med boleznijo, in procese, ki se dogajajo v organizmu. Patogeneza se osredotoča predvsem na izvor in razvoj bolezni. Obe študiji sta pomembni pri diagnosticiranju bolezni in preprečevanju njenega širjenja.
