Ključna razlika med HPLC in GC je, da HPLC uporablja trdno stacionarno fazo in tekočo mobilno fazo, medtem ko GC uporablja tekočo stacionarno fazo in plinasto mobilno fazo.
HPLC in GC sta oba načina ločevanja spojin iz zmesi. Medtem ko se HPLC nanaša na visokotlačno tekočinsko kromatografijo, je GC preprosto plinska kromatografija. Tako se HPLC nanaša na sestavine, ki so tekočine, vendar je GC koristen, kadar so spojine plinaste ali spojine, ki med postopkom ločevanja uparijo. Vendar imata oba osnovno načelo, da težke molekule tečejo počasneje kot lažje.
