Ključna razlika med filtrirnim papirjem Whatman in običajnim filtrirnim papirjem je, da je filtrirni papir Whatman primeren za kvalitativno analizo, medtem ko je običajni filtrirni papir primeren tako za kvalitativno kot kvantitativno analizo.
Filtracija je tehnika ločevanja različnih komponent v zmesi. Za to ločitev lahko uporabimo filtrirni papir. Zato ga uporabljamo kot oviro, ki je pravokotna bodisi na pretok tekočine bodisi na pretok zraka. Tako so ti filtrirni papirji uporabni za kvalitativno ali kvantitativno analizo. Whatmanov filtrirni papir je specifičen za kvalitativno analizo.