Ključna razlika - Primeri PCR vs Primerji za zaporedje
Z nedavnim razvojem na področju molekularne biologije so bile razvite različne genetske tehnike, ki so olajšale in natančno preiskovale različne načine obravnave teme. PCR in drugi postopki zaporedja sta dve pomembni tovrstni tehniki. Uporabljajo različne podkomponente. Primeri veljajo za glavno podkomponento, ki je skupna tako za PCR kot za tehnike sekvenciranja. Primerji PCR se uporabljajo za pomnoževanje določenega zaporedja DNA, medtem ko se primerki za zaporedje uporabljajo v kontekstu sekvenciranja fragmenta DNA z namenom razkriti njegov poseben vrstni red nukleotidnega zaporedja. To je ključna razlika med primerji PCR in primerki za zaporedje.
VSEBINA
1. Pregled in ključna razlika
2. Kaj so primerji za PCR
3. Kaj so primerki za zaporedje
4. Podobnosti med primerji za PCR in primerki za zaporedje
5. Vzporedna primerjava - primerji PCR proti primerjem za zaporedje v tabelarni obliki
6. Povzetek
Kaj so PCR primerji?
Verižna reakcija s polimerazo (PCR) je genetska tehnika, ki se uporablja na področju molekularne biologije za ojačanje ene ali nekaj kopij določenega segmenta DNA in za pridobitev več milijonov enakih kopij. V reakciji PCR se uporabljajo različne komponente, vključno s primerji. Primeri so kratke verige DNA z dolžino nukleotida 18-25, zaradi česar so združljive z začetno in končno regijo fragmentov DNA, ki jih je treba ojačati. Temeljni premazi so lahko osnovni in obratni temeljni premaz. Ti začetniki se vežejo na fragment DNA na točno določenih mestih, kjer tvorijo DNA polimerazo, da se vežejo na določen primer na mestu in sprožijo sintezo nove verige DNA.
Izbira primerjev je pomemben vidik postopka PCR. Pomembna je izbira dolžine temeljnega premaza. Idealna dolžina bi bila 18-25 nukleotidov. Če je dolžina prekratka ali predolga, se začetniki ne bodo vezali na zaporedje DNA, ki ga bomo natančno ojačali. Prekratki primerji vodijo do nespecifičnega žarjenja primerka na različnih mestih zaporedja DNA.
Slika 01: Primerji PCR
Vsebnost gvanina in citozina (GC) v dobrem temeljnem premazu mora biti med 40 in 60. Temperatura žarjenja temeljnega premaza in temperatura taljenja sta ključna dejavnika med PCR. Temperaturo taljenja je treba natančno izračunati, temperatura žarjenja temeljnega premaza pa mora biti za 5 0 C nižja od temperature taljenja. Temperatura taljenja mora biti 60 ° C in 75 ° C. Previsoke ali prenizke temperature bodo povzročile manj aktivno aktivnost DNA polimeraze.
Kaj so zaporedni primerki?
Primerji za zaporedje se uporabljajo v kontekstu zaporedja fragmenta DNA z namenom razkriti njegovo specifično identiteto. Za doseganje dobrih rezultatov zaporedja so pomembni visokokakovostni primerji in predloge. Torej, ko so izbrani temeljni premazi, bi morali biti edinstveni za določeno regijo, kjer želimo zaporedje. Prav tako mora biti s pravilno usmeritvijo, kjer se zaporedja običajno generirajo od 3 'do 5' koncev temeljnih premazov. V zaporedju ne sme biti neželene samohibridizacije, kot je oblikovanje zank za las. Ne sme vsebovati zaporednih tvorb gvaninskih baz.
Temperatura taljenja (Tm) temeljnega premaza mora ustrezati pogojem zaporedja. Zato mora ležati med 52 o C in 74 o C. Pripravo oligonukleotidov, ki jih bomo uporabili kot primer, je treba očistiti, da dobimo želeno celotno dolžino zaporedja. Če oligonukleotidi vsebujejo nečistoče, bo signalizacija zaporedja primerjev nadgrajena z različnih mest za sesanje in zmanjšala tudi število baznih celic.
Slika 02: Sekvenciranje temeljnih premazov
Temperatura taljenja praška (Tm) oligonukleotida določa, kako močne so komplementarne verige DNA, ki se med seboj hibridizirajo. Tm lahko štejemo za termodinamični izračun, kjer je odvisen tako od zaporedij DNA kot od več pogojev, kot je koncentracija soli. Tm je pomemben med PCR, kjer se za izdelavo skupine fragmentov, zaključenih z dideoksinukleotidom, uporablja različica, imenovana zaporedje ciklov. Tu se primer, ki je zaporeden, najprej alternativno žari, nato podaljša in nazadnje denaturira za ojačanje. Zato bi morala biti vrednost Tm med 52 o C in 74 oC. Sintetizirane oligonukleotide je mogoče dobiti v laboratorijih za sintezo DNA / RNA po izbiri. Majhen obseg sinteze, ki se uporablja za zaporedje DNA, je običajno 50 nmol. Prav tako je najpomembneje, da se temeljni premazi, ki se uporabljajo za zaporedje, očistijo, da ne vsebujejo nečistoč, ki bodo preprečile zmanjšanje kakovosti.
Kakšne so podobnosti med primerji za PCR in primerki za zaporedje?
- Tako PCR primerji kot primerjalniki za zaporedje so začetniki, ki se uporabljajo v procesu pomnoževanja ciljne sekvence DNA.
- Tako primerji za PCR kot primerki za zaporedje so sestavljeni iz nukleotidov.
- Tako PCR primerji kot primerjalniki za zaporedje so kratki oligomeri.
Kakšna je razlika med primerji za PCR in primerki za zaporedje?
Diff Article Sredina pred mizo
Primerji PCR vs primerjalniki za zaporedje |
|
| Primerji PCR so kratke verige DNA z dolžino nukleotidnega zaporedja 18-25, zaradi česar so združljivi z začetno in končno regijo fragmentov DNA, ki jih je treba ojačati. | Primeri za sekvenciranje so kratki oligomeri, ki se uporabljajo v kontekstu sekvenciranja fragmenta DNA z namenom razkriti njegovo specifično identiteto. |
| Funkcija | |
| Primerji PCR se uporabljajo za pomnoževanje določenega zaporedja DNA. | Primerji za zaporedje se uporabljajo v kontekstu zaporedja fragmenta DNA z namenom razkriti njegovo specifično identiteto. |
| Število potrebnih temeljnih premazov | |
| Dva temeljna premaza; en primerni primer in en reverzni primer se uporabljata kot primerja za PCR. | Potrebujete samo en primer kot primer za zaporedje. |
Povzetek - Primerji PCR vs Primerji za zaporedje
Primerji za zaporedje se uporabljajo v kontekstu zaporedja fragmenta DNA z namenom razkriti njegovo specifično identiteto. Za zagon postopka bo dovolj en primer za zaporedje. Za doseganje dobrih rezultatov zaporedja so pomembni visokokakovostni osnovni premazi in predloge. Torej, ko so izbrani temeljni premazi, bi morali biti edinstveni za določeno regijo, kjer želimo zaporedje. Primerji PCR so kratke verige DNA z dolžino nukleotida 18-25, ki je združljiva z začetno in končno regijo fragmentov DNA, ki jih je treba ojačati. Primerji za PCR so lahko osnovni in obratni temeljni premaz. Vsebnost gvanina in citozina (GC) v dobrem temeljnem premazu mora biti med 40 in 60. Temperatura žarjenja temeljnega premaza in temperatura taljenja sta ključna vidika med PCR. To je razlika med primerji PCR in primerki za zaporedje.
